Cartographie des épitopes

Définition des épitopes linéaires, conformationnels et discontinus : précision et rentabilité

La cartographie des épitopes est essentielle au développement d’anticorps thérapeutiques. Elle joue un rôle clé dans la compréhension de la fonction des anticorps et leur sélection, la protection de la propriété intellectuelle et l’approbation de la FDA/EMA, et donc dans la protection des intérêts de votre entreprise. Pepscan est cité dans la majorité des brevets européens déposés en 2019 qui mentionnent la cartographie des épitopes.

Pepscan a mis au point une méthode de cartographie des épitopes utilisant des peptides. Nos 25 ans d’expérience dans la chimie avancée et appliquée des peptides nous permettent de proposer une localisation précise, claire et directe des épitopes, applicable à vos anticorps. L’expérience de nos scientifiques alliée aux puces à peptides que nous avons développées en interne et à notre technologie exclusive CLIPS™ nous a permis de nous doter d’une plateforme unique capable de caractériser les épitopes linéaires, conformationnels et discontinus de façon précise et rentable.

Conformation spatiale en 3D d’un épitope

Dans la plupart des cas, les anticorps thérapeutiques ont un épitope conformationnel ou discontinu. Pepscan a développé une technologie exclusive, CLIPSTM, pour construire des peptides rigidifiés qui permettent de mimer et visualiser la conformation spatiale en 3D de ces épitopes. Notre plateforme de cartographie des épitopes vous permet d’identifier tout type d’épitope de manière rentable et rapide.

Pepscan a développé cette plateforme de cartographie des épitopes en utilisant un support solide avec une matrice d’hydrogel particulière. C’est dans cette matrice que sont synthétisés les peptides grâce à la chimie Fmoc, ce qui permet d’atteindre une haute densité de synthèse. Cela génère des puces très sensibles qui permettent une détection fiable des signaux de liaison même les plus faibles. Ces puces à peptides immobilisées sont réutilisables et peuvent être testées plusieurs fois. Cela rend donc possible le criblage d’une série d’anticorps ou de sérums sur une seule puce faisant ainsi de la cartographie linéaire des épitopes une option rapide et rentable aux fins de sélection des meilleurs candidats et de la poursuite des étapes de développement.

 

Le processus et déroulement d’un projet de cartographie des épitopes

Les projets de cartographie des épitopes sont gérés par nos scientifiques selon un certain flux de travail (Figure 1). Ce flux de travail s’appuie sur des années d’expérience et est optimisé au maximum, pour un résultat optimal. Le processus utilisé pour un projet donné est illustré dans la deuxième figure.

Figure 1 - Flux de travail d’un projet de cartographie des épitopes

Figure 2 - Processus de cartographie des épitopes

 

Principaux avantages de la plateforme de cartographie des épitopes de Pepscan

L’immense expérience de Pepscan et ses chercheurs leur a permis de mettre au point la cartographie des épitopes peptidiques. Pepscan est cité dans la majorité des brevets européens déposés en 2019 qui mentionnent la cartographie des épitopes.

Nombreuses possibilités d’application - complexes protéiques linéaires, conformationnels, discontinus et multimériques

Diversité des cibles et des échantillons – protéines solubles, exodomaines, virus et antisérums, anticorps polyclonaux, anticorps monoclonaux purifiés et protéines

La grande sensibilité (de notre plateforme) permet de détecter les interactions les plus faibles

Puce réutilisables et longue durée de conservation - des dizaines d’échantillons sur une seule puce, rentabilité et comparaison directe des anticorps polyclonaux

L’équipe d’experts de Pepscan

Dennis Flierman, Docteur - Directeur de la cartographie des épitopes
Dennis est un professionnel chevronné, il possède une formation en sciences biomédicales fondamentales et une expérience en immunologie, en biologie structurale et en biochimie. Il a obtenu son doctorat en biochimie et en biologie cellulaire et a mené ses travaux de doctorat à l’Université médicale de Harvard et au Centre médical Hershey de l’Université d’État de Penn. Dennis est en contact avec les clients mais, au quotidien, il se concentre également sur l’analyse des données.

Velten Horn, Docteur - Chercheur
Velten est un généraliste qui travaille à la croisée de la chimie, de la biologie et de la physique. Il a obtenu son doctorat à l’université de Leyde, où il a étudié les interactions protéine-protéine et peptide-protéine au niveau structurel, via un large éventail de techniques biophysiques et informatiques. Velten est un expert dans l’identification des épitopes de liaison entre les substrats peptidiques et protéiques et dans la programmation de solutions informatiques destinées à l’analyse des données.