Cartographie linéaire
Figure 1 : épitope linéaire, comme souligné en rouge dans le diagramme en ruban de l’ubiquitine. Pour indiquer la position de cette partie dans la séquence, l’épitope linéaire est également mis en évidence sur la barre horizontale ; elle indique également la position l’extrémité N-terminale à l’extrémité C-terminale.
Une option rentable pour des épitopes linéaires simples
L’identification précise des épitopes linéaires d’importants anticorps thérapeutiques et diagnostiques à l’aide de collections de peptides linéaires dont les séquences se chevauchent a été inventée par Pepscan il y a plus de 20 ans. Depuis, Pepscan a perfectionné cette technologie et élargi son application pour offrir une sensibilité et une reproductibilité inégalées en matière de cartographie des épitopes de tous les types d’échantillons. Selon nous, la cartographie linéaire des épitopes est le choix le plus économique, cette méthode est utilisée lorsque l’on suspecte un épitope d’être au moins partiellement linéaire, par exemple lorsque l’antigène était lui-même un peptide.
Les épitopes linéaires sont définis des acides aminés situés dans une zone particulière d’une protéine, proches à la fois dans la séquence et dans la structure 3D. Les caractéristiques structurelles ne sont pas importantes aux fins de reconnaissance.
Étude de cas : cartographie des épitopes linéaires pour les anticorps monoclonaux anti-CD3ɛ
Des informations plus précises sur le site spécifique et unique de liaison à la cible (c’est-à-dire l’épitope) des nouveaux anticorps sont souvent nécessaires dans le cadre des nouvelles thérapies. La cartographie comparative des épitopes peut également fournir des informations fonctionnelles importantes pour le passage des médicaments potentiels de l’expérimentation animale aux essais sur l’homme.
Un anticorps monoclonal dirigé contre l’anti-CD3ɛ humain a été testé sur une banque de peptides linéaires 15-mères chevauchante entièrement, en se basant sur les séquences du singe cynomolgus et du CD3ɛ humain. Les profils d’intensité enregistrés ont clairement montré que même si les séquences différaient légèrement, l’anticorps se liait à l’extrémité N-terminale des deux séquences CD3ɛ avec une intensité similaire. Cet épitope a pu être cartographié avec des peptides linéaires car cette partie de la structure est flexible et sans conformation contrainte (voir Figure 2).
La cartographie des épitopes linéaires par Pepscan peut fournir une vision approfondie des motifs de séquences linéaires nécessaires à la liaison d’un anticorps à sa cible. La liaison croisée à des séquences homologues ou l’identification d’anticorps capables de se lier de manière unique à des cibles d’espèces particulières peuvent également être évaluées pour un anticorps seul ou un panel d’anticorps en raison du caractère réutilisable des puces.
Figure 2. Résultats obtenus avec la cartographie des épitopes linéaires d’un anticorps monoclonal contre CD3ɛ, réalisée avec une banque de peptides dérivés de la séquence protéique de CD3ɛ chez l’humain et chez le singe. Les profils d’intensité obtenus sont présentés dans le graphique en papillon (à gauche). L’alignement des séquences humaines et des séquences du singe est indiqué dans la partie supérieure. L’illustration sur la droite permet de visualiser en 3D les résultats de la cartographie des épitopes dérivés de 1xiw.pdb. L’épitope cible est affiché en bleu, comme indiqué par la flèche rouge.
