Les banques de peptides

l’efficacité des banques de peptides en font un outil couramment utilisé dans le domaine de la recherche biologique. Elles constituent en effet une solution rapide et rentable pour un large éventail d’activités de criblage visant à mettre en évidence des molécules ayant une activité biologique particulière, comme par exemple via l’identification des peptides bioactifs essentiels. Certaines banques spécialisées de petits peptides sont idéales afin d’identifier des épitopes de cellules T. De même, les banques de peptides linéaires chevauchantes permettent de cartographier rapidement l’épitope linéaire ou complexe de votre anticorps. Les banques de peptides sont également utilisées dans le cadre d’études biochimiques en tant que substrats, ligands ou inhibiteurs d’enzymes.

Pepscan a conçu la technologie des banques de peptides et jouit de plus de 25 ans d’expérience dans la conception, la synthèse et l’utilisation de banques de peptides personnalisées. Nous offrons à nos clients :

• Un choix illimité de tailles et de formats de banques de peptides, disponibles à plusieurs échelles de synthèse
• Des banques de peptides adoptant des conformations uniques en utilisant la technologie CLIPS
• Un large éventail de modifications des peptides, y compris des modifications post-traductionnelles
• Une assistance gratuite pour la conception des banques par les inventeurs même de la technologie
• Une synthèse à façon rapide et fiable, une distribution dans le monde entier

La synthèse et distribution des banques à façon

Pepscan propose des puces à peptides personnalisables de toutes tailles et de tous formats, allant d’un petit ensemble de peptides à des banques contenant jusqu’à 1 000 variants différents. La longueur des peptides varie généralement de 5 à 30 acides aminés, ce qui est suffisant pour la plupart des applications. Toutefois, en tant qu’inventeur du concept de banque de peptides, Pepscan propose aussi des banques d’une longueur pouvant aller jusqu’à 50 acides aminés, comportant également des contraintes structurelles ou des modifications post-traductionnelles si nécessaire. Les banques de peptides sont conçues sur la plateforme de synthèse peptidique dernière génération de Pepscan, généralement à l’échelle de 4 μmol. Cela génère la plupart du temps de 1 à 4 mg de peptide brut, ce qui est idéal pour un criblage rapide et efficace. Un contrôle qualité supplémentaire est possible sur demande. Le plus souvent, la synthèse est initiée quelques jours après la commande, avec des délais de livraison standard d’environ 3 à 4 semaines, en fonction de la taille de la banque et de la longueur des peptides. Les banques de peptides à façon sont livrées sous forme de peptides lyophilisés, soit dans des plaques 96 puits pour un criblage à haut débit, soit dans des microtubes individuels. Tous les peptides de la banque seront livrés sous forme de sels de TFA en poudre lyophilisée.

Sur demande, nous générons des banques de peptides avec différentes modifications structurelles telles que l’acétylation de l’extrémité N-terminale, la biotinylation, la phosphorylation des protéines par des Ser/Thr kinases, la N-méthylation, ou le marquage avec des fluorophores/chromophores. Veuillez nous contacter pour de plus amples informations sur les modifications personalisables.

Créez votre propre banque et comment bien la concevoir

Chez Pepscan, nous concevons, synthétisons et exploitons la technologie des puces à peptides depuis plus de 20 ans. Vous pouvez puiser dans ces connaissances en contactant notre service d’assistance à la conception des banques sans engagement. Nous vous conseillons afin que vous puissiez concevoir la banque la plus économique et la plus efficace possible. Nous vous aidons également à établir la liste des séquences de la banque de peptides. Lorsque la conformation de votre peptide doit obligatoirement être en 3D, nous proposons également des banques exclusives de peptides rigidifiés au niveau de leur structure 3D (par CLIPS). Toute une gamme d’options de conception de banques est disponible : banques chevauchantes (overlapping libraries), banque de peptides tronqués (truncated libraries), cellule T tronquée (truncated T-cells), Ala-scan, mutagénèse saturante sur une ou plusieurs position (replacement analysis) séquence pseudo-aléatoire (scrambled libraries)), chacune étant adaptée pour répondre à des questions de recherche spécifiques.

N’hésitez pas à contacter nos experts pour obtenir des conseils et concevoir une puce à peptides optimale. Si vous avez déjà conçu votre banque, il vous suffit de nous envoyer une demande de devis assortie d’un fichier Excel contenant les séquences des peptides, et nous vérifierons la faisabilité de votre projet.

Options de conception des banques de peptides

Pepscan a créé la technologie des banques de peptides que notre personnel met en œuvre depuis de nombreuses années. N’hésitez pas à contacter les experts de Pepscan pour obtenir une assistance gratuite lors de leur conception.

Les banques Ala-scan sont utilisées pour identifier les résidus qui jouent un rôle dans l’activité d’un peptide. L’alanine, le plus petit acide aminé naturel chiral, est utilisée pour remplacer les résidus de chaque position du peptide d’origine. L’effet de la substitution par l’alanine sur l’activité globale du peptide est utilisé pour déterminer l’importance de chacun des résidus.

Le criblage de la banque de mutagénèse saturante (une position à la fois) est une méthode clé pour l’optimisation des séquences. En remplaçant un à un les résidus par tous les autres acides aminés naturels, les substitutions importantes pour l’activité sont identifiées et une séquence avec une activité améliorée peut être conçue.

Les banques de mutagénèse saturante combinées sont une extension des précédentes, avec un remplacement systématique de 2 ou plusieurs positions à la fois. Ces banques permettent d’identifier des synergies ayant un effet sur l’activité biologique d’une séquence peptidique.

Les banques pseudo aléatoires (scrambled libraries) sont utilisées pour cribler toutes ou de nombreuses permutations d’une composition particulière d’acides aminés. Celle-ci peut être utilisée comme contrôle négatif pour un peptide spécifique, afin de montrer que la séquence est critique pour l’activité.

Les banques chevauchantes (overlapping libraries) sont utilisées pour scanner la séquence primaire des protéines à la recherche d’épitopes linéaires. Elles sont également idéales aux fins d’identification des épitopes des cellules T, car ces épitopes sont par nature de courts peptides linéaires issus de la séquence primaire des protéines. Le processus de génération des banques de peptides est défini par deux paramètres : la longueur des peptides et le degré de chevauchement. Le contrôle minutieux de ces paramètres garantit les meilleurs résultats pour certaines applications des banques.

Les banques de peptides tronqués sont conçues en supprimant systématiquement un ou plusieurs acides aminés situés de part et d’autre d’une séquence centrale d’utilité connue. Le but est d’identifier la séquence d’acides aminés la plus courte nécessaire à l’activité. Si les acides aminés essentiels ont été identifiés au préalable par Ala-scan ou par d’autres technologies, la séquence centrale est facilement localisée.

Les banques de peptides tronqués des cellules T combinent les principes des banques chevauchantes et tronquées, et permettent d’effectuer une identification à haute résolution des épitopes des cellules T. Des mélanges équimolaires des quatre peptides en position C-terminale pour chaque 11-mères nominal sont fournis dans chaque tube (c’est-à-dire tous les 8 à 11-mers). Les résultats sont analysés et permettent d’identifier avec précision des épitopes en un nombre d’essais nettement inférieur à celui des banques de peptides chevauchantes.