Phage display des peptides cyclisés

Le phage display est une technologie qui permet la découverte de novo de peptides contre toute cible d’intérêt en explorant des bibliothèques de peptides codés par l’ADN comprenant plusieurs milliards d’éléments différents. Dans ce contexte, nous utilisons notre technologie exclusive CLIPS pour générer des peptides hautement contraints ayant une affinité, une sélectivité et une stabilité protéolytique accrues et adaptés à des applications diagnostiques et thérapeutiques.

Description du processus Résumé de la découverte de peptides :

Phage display → Sélection et validation des hits → Optimisation des composés → Développement du produit

 

Substances biologiques

1-CLIPS

Petites molécules thérapeutiques

Poids moléculaire (kDa)

 

Spécificité en matière de cible

 

Voie métabolique anodine

 

Toxicité hors cible

 

Immunogénicité

 

Pénétration tissulaire

 

Coût des marchandises

 

> 10

~ 2.5

~ 0.5

Points forts du phage display par CLIPS développé par Pepscan :

  • Plateforme de phage display optimisée aux fins d’identification de peptides contraints par technologie CLIPS à partir de bibliothèques de haute qualité basées sur la technologie des trinucléotides et des diversités dépassant les variants 4E+10.
  • Accès à notre gamme d’échafaudages CLIPS contenant plus de 50 échafaudages moléculaires différents.
  • Une expertise de premier plan au niveau mondial dans la synthèse peptidique sous contrainte CLIPS dans différents formats et à différentes échelles.
  • Plate-forme de réseau de peptides haute sensibilité pour affiner le réglage de la structure des peptides sous contrainte CLIPS, avec une capacité supérieure à 100 000 peptides par mois.
  • Ciblage d’épitopes plus diversifiés sur votre protéine cible.
  • Optimisation des chances de trouver des peptides ayant une affinité et une spécificité plus élevées grâce à une exploration plus approfondie de l’espace conformationnel.
  • Personnel hautement qualifié et doté de plusieurs années d’expérience dans l’affichage, la synthèse, la conception, l’optimisation et la reconnaissance moléculaire des peptides.

Phage display des peptides CLIPS

Notre bibliothèque monocyclique de phage displays encode 10 positions aléatoires (X) accompagnées de deux cystines (ACXXXXXXXXXXCG). La bibliothèque de phage displays a été générée à partir de trinucléotides, ce qui garantit une distribution égale des 19 acides aminés naturels (à l’exception de la Cys) sur toutes les positions aléatoires ; la diversité est également supérieure aux variants 4E+10.

Sous-ensemble d’échafaudages CLIPS exclusifs

La liaison des deux cystéines peut être réalisée à l’aide d’un sous-ensemble d’échafaudages CLIPS exclusifs :

Structure des différents échafaudages T-2 et conformations peptidiques correspondantes (anticipées).

Structure des différents échafaudages T-2 et conformations peptidiques correspondantes (anticipées).

La combinaison des bibliothèques monocycliques avec différents types d’échafaudages CLIPS a deux objectifs :

1. Davantage de contacts

La combinaison de bibliothèques monocycliques avec différents types d’échafaudages CLIPs nous permet de créer des contacts supplémentaires entre les échafaudages CLIPS et les résidus hydrophobes/aromatiques/cationiques à la surface des cibles. De nombreuses publications scientifiques illustrent la contribution significative des groupements de réticulation aux énergies de liaison.¹

2. Différents assemblages conformationnels

La combinaison de bibliothèques monocycliques avec différents types de CLIPs nous permet d’examiner différents assemblages conformationnels dans l’espace de la structure peptidique. Le laboratoire du Professeur Heinis (EPFL, Lausanne/Suisse) a publié des résultats selon lesquels la combinaison d’une même bibliothèque avec différents échafaudages peut apporter des solutions uniques aux fins de reconnaissance de la protéine cible.² Le fait de permuter des échafaudages une fois la sélection effectuée annule souvent la liaison peptidique. Le laboratoire du Professeur Suga (Tokyo/Japon) combine une bibliothèque codée mais fait varier l’acide aminé N- terminal qui est utilisé pour la liaison croisée, par exemple N-chloroacétyl-L-Tyr en D-Tyr.³ Là encore, une telle variation conduit généralement à des candidats uniques pour chaque sélection où l’énantiomère utilisé est essentiel aux fins de reconnaissance de la cible.


Références dans la littérature :
1. Glas, A. et al. Constrained Peptides with Target-Adapted Cross-Links as Inhibitors of a Pathogenic Protein–Protein Interaction. Angew. Chem. Int. Ed. 53, 2489–2493 (2014).
2. Chen, S., Bertoldo, D., Angelini, A., Pojer, F. & Heinis, C. Peptide ligands stabilized by small molecules. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 53, 1602–1606 (2014).
3. Kawamura, A. et al. Highly selective inhibition of histone demethylases by de novo macrocyclic peptides. Nature Communications 8, 14773 (2017).

Pourquoi le phage display des peptides cycliques avec Pepscan ?

Pepscan est l’un des fournisseurs mondiaux de produits et services à base de peptides. Les technologies et l’expertise de Pepscan couvrent l’ensemble de la chaîne de découverte, à commencer par :